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ちゃーりーの「どっからでもかかってきなさい」

ジャイアンだとしても、映画版です

ChIP強化月間(たぶん)、ランダムディスカッション

日常

今日から何となくChIP強化月間をスタート。毎日ChIPをスタートする、というだけ。同僚とのコンセンサスで、サンプル数が多いとしっちゃかめっちゃかになるので、サンプルを少なめにして、毎日。先週、土日と今日で、クロスリンク細胞を取りためた。クロスリンクのところは結構バリエーションのおおもとなので、200M/日という感じで地道にためた。

 

うちのラボのボスは基本的にChIP野郎だったので、ChIPにはかなりうるさい。口癖は、「低質なChIPをやるのは超簡単。良いChIPをするのはとても大変」。ChIPに関しては学ぶことが多い。僕は専らChIP-seqをしてきたが、ここにきて改めて、ChIP-PCRの長所を再確認している。第一に、ChIP-seqよりも定量的である。ChIP-seqは横に、ChIP-PCRは縦にみるイメ―ジだ。第二に、結果がすぐ分かる。Library prep、シークエンス、解析、というところを考えたら、20倍-30倍速でできる。この多段階性も、ChIP-seqから定量性を失わせる要因だろう。第三に、最近のChIP-seqは厳しくreplicatesを求められるので(RNA-seqも)、自動的に量/コストが半端なくなってしまう。

 

ChIP-seqの長所はもちろんゲノムワイドであることであり(全領域でPCRなんかできるか!)、そして、僕の今回のケースのように、みているものがどこにいるのか最初は検討もつかなかった場合は、読むしかない。宝探し向きだ。僕はゲノミクス寄りなので、ChIP-seqが大好きだ。が、ひとたび見たい領域が決まり、そこに関するローカルな、定量性を求められる介入実験をしていく場合には、PCRのほうにスイッチする、という感じか。

 

実験の合間に小児科にいってプレスクールに提出する書類をゲットしたりしたので、わりと動き回った。結構ディスカッションもした。土日はあんまり研究をできないので、月曜日になるころにはやりたいことで頭が溢れかえっていて、うげー、こんなにあるんか、と思ってしまうのだが、はじめてみると大したことない、というのがいつものパターン。焦らず騒がず、コツコツやっていきまひょ。